舞台は、地球から遙か遠くの銀河に存在する銀河鉄道すべての始発駅「惑星 ディスティニー」。宇宙で最も正確といわれる銀河鉄道の運行ダイヤと乗客の安全を守る為、主人公・有紀 学(ゆうきまなぶ)が所属するSDFの精鋭部隊・シリウス小隊が、銀河鉄道上で発生する事件、事故の救援活動、そして、列車を脅かす宇宙海賊の討伐に向かう。
有紀 学の父と兄はSDFの任務中に殉職。肉親の死を目の当たりにした学は、彼らの遺志を受け継ぎ、自らの壮絶な運命に立ち向かっていく。
次元断層に消えた宇宙特急の救出劇、宇宙を漂流する小さな植物の種が巻き起こす大惨事、異次元宇宙から飛来した謎の使者がもたらす全宇宙存亡の危機に関わるメッセージなど、命を賭けた過酷な任務が待ち受ける。松本零士が贈る壮大なスペースファンタジーです。